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花菖蒲是有种子的，它的种子为扁平状、半圆形，呈棕褐色。荚果在生长成熟之后，会从顶端向下裂开到1/3处，在成熟开裂之后将其打开就可以获得种子了。果期是在秋季的8-9月份，种子会在1月份中旬左右成熟，在采收种子之后就可以进行播种，或者是低温冷藏到第二年播种。
